Vystudoval práva, 16 let pracoval na různých manažerských pozicích v Ostravských hutích a nyní řídí největšího poskytovatele nájemního bydlení v Česku, ostravskou firmu Heimstaden, která je součástí mezinárodní stejnojmenné skupiny. Posledních 12 let je viceprezidentem Svazu průmyslu a dopravy. Jan Rafaj je jedním ze čtyři kandidátů na prezidenta svazu.