Velkou část života Pernes strávil jako pracovník Ústavu pro soudobé dějiny AV ČR, krátce byl i ředitelem Ústavu pro studium totalitních režimů. Byl také vysokoškolským pedagogem. V závěru života působil jako externí vyučující na katedře politologie na Fakultě sociálních studií Masarykovy univerzity.
ČTĚTE TAKÉ: Politika je nenávistná vůči ženám, míní členky Mladých zelených. Vadí jim i dohoda s Piráty
Studoval v letech 1966 až 1972 český jazyk a dějepis na tehdejší Univerzitě Jana Evangelisty Purkyně, dnešní Masarykově univerzitě, absolvoval postgraduální studium muzeologie. V roce 2008 se stal docentem. Nejprve pracoval v několika muzeích, například ve Slavkově u Brna, mezi lety 1990 a 1992 řídil Moravské zemské muzeum.
V Ústavu pro soudobé dějiny působil od roku 1994 a 14 let vedl brněnskou pobočku. Do čela Ústavu totalitních režimů byl zvolen v roce 2010, ale po měsíci a půl byl odvolaný kvůli podezření z plagiátorství. I když se podezření nepotvrdilo, Pernes už se na ředitelské místo nevrátil.
Pernes patřil k úspěšným popularizátorům historie, byl hostem řady televizních pořadů, působil jako odborný poradce a spolutvůrce dokumentů. Třikrát získal Cenu Egona Erwina Kische za literaturu, před pěti lety obdržel Cenu města Brna v oblasti společenských věd. Mezi jeho publikace patří například Život plný nepřátel aneb Život a smrt Františka Ferdinanda d'Este, Až na dno zrady: Emanuel Moravec či Takoví nám vládli: Komunističtí prezidenti Československa a doba, v níž žili.
Po revoluci v roce 1989 se také politicky angažoval, ale úspěšný byl pouze v roce 1994, kdy se jako člen ODA dostal do brněnského zastupitelstva. Později kandidoval neúspěšně do Senátu, také do Evropského parlamentu či znovu do brněnského zastupitelstva.
MOHLI JSTE PŘEHLÉDNOUT: Záhadné úmrtí dítěte v Táboře. Mohlo jít o vraždu, spekuluje se o střelném poranění
